Учитывая эпидемиологические и клинические данные, окончательный диагноз должен быть установлен выявлением в сыворотке крови специфического маркера — анти-HEV IgM в остром периоде заболевания. Методом ПЦР определяют РНК НEV. Анти-HEV IgG появляются гораздо позже и свидетельствуют о перенесенном заболевании.
Основным маркером ОВГG служит РНК HGV, выявляемая методом ПЦР. Анти-HGV появляются в поздние сроки, когда из крови исчезает РНК HGV, и служит маркером выздоровления.