Дифференциальная диагностика проводится согласно основным алгоритмам заболеваний органов дыхания, проявляющихся кашлем, синдромом кровохарканья (см. алгоритм дифференциальной диагностики) и хронической одышки (см. алгоритм дифференциальной диагностики).
Синдромологическая верификация бронхоэктатической болезни осуществляется по результатам анамнестических, клинических данных, исследования структуры бронхиального дерева и функции внешнего дыхания.
С целью дифференциальной диагностики необходимы: рентгенография легких, бронхография, в меньшей степени бронхоскопия, ЭКГ, клинический анализ крови, мокроты.
Наличие интоксикации, длительного кашля, кровохарканья заставляют исключать деструктивные формы туберкулеза легких и бронхоальвеолярного рака.