Наряду с клинико-эпидемиологическими данными важная роль принадлежит лабораторной диагностике. Наибольшее значение имеет бактериологический метод. Исследуемым материалом служат испражнения и рвотные массы.
Другие методы лабораторной диагностики, в том числе и серологический (РНГА), большого практического значения в настоящее время не имеют.
Основная причина этого — антигенная общность между эшерихиями, шигеллами и некоторыми другими бактериями.
Дифференциальная диагностика эшерихиоза проводится с дизентерией, сальмонеллезом, пищевыми токсикоинфекциями, острыми кишечными заболеваниями вирусной этиологии. Само название « холероподобный эшерихиоз » диктует необходимость дифференциации его от холеры.
Решающее значение в этих случаях приобретает оценка эпидемиологической ситуации и результатов бактериологического исследования.