Яйца остриц попадают в желудочно-кишечный тракт, и освободившиеся от оболочек яйца личинки присасываются, а иногда внедряются в слизистую оболочку дистального отдела тонкой и проксимальных отделов толстой кишки. Через 12-14 дней они достигают половой зрелости. Вокруг внедрившихся остриц могут образовываться гранулемы, состоящие из эозинофилов, лимфоцитов, макрофагов, что определяет появление дискинезии кишечника.
Аллергические реакции при энтеробиозе выражены в меньшей степени, чем при других гельминтозах. Самки остриц, мигрирующие для откладки яиц из кишки в перианальную зону, могут проникать в женские половые органы, занося туда кишечную микробную флору и провоцируя развитие вульвовагинитов и др.