Обычно, в кишечнике человека поддерживается микробиоценоз, это одна из важнейших систем организма, которая выполняет или регулирует многочисленные его функции, за счет чего поддерживается равновесие внутренней среды организма. Основные функции, которые выполняет нормальная микрофлора кишечника, состоят в формировании иммунного ответа, происходит с помощью микрофлоры, активное переваривание пищи, также регулируется моторная функция кишечника и происходит дезинтоксикация.
Важной функцией нормальной микрофлоры является недопущение заселения организма посторонними микробами. Немаловажную роль играет иммуномодулирующая функция микрофлоры, которая протекает в кишечнике. Это иммунный ответ и его формирование, уже впервые часы после рождения ребенка и все это происходит под влиянием микрофлоры, при этом выделяется лизоцим, а также другие активные соединения, они стимулируют иммунную систему организма.
С помощью микроорганизмов осуществляются биохимические и физиологические процессы в желудочно-кишечном тракте, что дает возможность активно переваривать и всасывать пищу. Кроме того происходит обмен жиров, углеводов, белков, при этом продуцируются гормоны, витамины, различные биологические амины, которые активно поддерживают все функциональные возможности организма и, особенно желудочно-кишечного тракта.
Также микробная флора регулирует моторную функцию кишечника, и при этом образуются биологически активные вещества, такие как брадикинин, простагландины и другие. Может наступить детоксикационная деятельность кишечной микробной флоры и это происходит для защиты организма от чужеродных агентов таких, как нитратов, лекарственные средств, соли тяжелых металлов, амины, пестициды и другие агенты.