При развернутой картине СПИДа прогноз очень тяжелый. Продолжительность жизни составляет от 2-3 месяцев до 2-3 лет. Летальный исход у детей раннего возраста связан с генерализованной цитомегалией или сепсисом. У детей старшего возраста злокачественное течение обусловлено сочетанием пневмоцистоза с саркомой Капоши.