Менингококк попадает на слизистую носоглотки капельным путем (назофарингеальная стадия), где может вегетировать, не причиняя вреда хозяину, — менингококконосительство. При снижении резистентности организма возможно развитие воспалительного процесса в носоглотке — менингококковый назофарингит. В части случаев менингококк проникает в лимфатическую систему и кровь (лимфогематогенная диссеминация), в результате чего развивается генерализованная форма инфекции. При прорыве гематоэнцефалического барьера возникает гнойный менингит, менингоэнцефалит с менингококцемией и без нее. В патогенезе генерализованных форм МИ основную роль играет эндотоксин — липополисахаридный комплекс.
Анализ структуры смертности от МИ показывает, что большинство детей погибает в 1-2 — е сутки заболевания от молниеносной (гипертоксической) менингококцемии, реже при смешанной (менингит + менингококцемия) форме заболевания, осложнившейся шоком и ДВС-синдромом. В отдельных случаях летальный исход наступает позднее и связан с неспецифическими осложнениями (пневмонией, обструктивным бронхиолитом, вторичной бактериальной или вирусной инфекцией). Основные морфологические признаки представлены тромбогеморрагическим синдромом и гнойно-серозными изменениями в органах.