Различают внутриутробный и постнатальный сепсис. Под внутриутробным понимается заболевание, развившееся антенатально у внутриутробно инфицированного плода. Первичный септический очаг в этом случае находится вне организма ребенка, обычно в плаценте. Такой сепсис имеет, как правило, молниеносное течение. В большинстве случаев бактериальное обсеменение происходит интра- и постнатально. Первичный септический очаг чаще всего локализуется в пупочной ранке, но входными воротами могут быть и кожа, и слизистые оболочки, и органы дыхания, и желудочно-кишечный тракт. Соответственно, различают формы сепсиса.
Вначале развивается омфалит с флебитом, распространение инфекции происходит гематогенным путем. При ослаблении защитных факторов снижается способность к очищению лимфы и крови от микроорганизмов и возникают массивная бактериемия, токсемия. Развивается септический процесс.
Воздействие микроорганизмов и их токсинов приводит к поражению и дисфункции всех органов и систем, нарушению метаболических процессов. Обнаруживаются полнокровие, дистрофические процессы вплоть до некроза, скопления лейкоцитов, мелкие кровоизлияния и абсцессы.