Цистит относится к полиэтиологическому заболеванию. Возбудителями цистита обычно являются кишечная палочка, стафилококк, протей, стрептококк. Помимо бактериальных возбудителей в этиологии цистита играют роль микоплазмы, вирусы, хламидии, трихомонады, грибы.
Микроорганизмы могут проникать в мочевой пузырь различными путями: восходящим — из мочеиспускательного канала, нисходящим — из почки, лимфогенным — из соседних тазовых органов, гематогенным — из отдаленных очагов, непосредственным (прямым).