Дизентерию необходимо отличать от сальмонеллеза, эшерихиоза, пищевых токсикоинфекций, холеры, амебиаза, балантидиаза, лямблиоза, трихомониаза кишечника, некоторых гельминтов, кандидоза, отравлений грибами и солями тяжелых металлов, туберкулеза кишечника, неспецифического язвенного колита, острых хирургических заболеваний.