Входными воротами инфекции чаще всего является поврежденная кожа. Редко возбудитель попадает в организм через слизистые оболочки дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта.
На месте внедрения возбудителя в кожу возникает сибиреязвенный карбункул. Его возникновение связано с выделением экзотоксина, который вызывает нарушения микроциркуляции, отек и коагуляционный некроз. Карбункул имеет вид очага серозно-геморрагического воспаления, окруженного зоной отека с увеличением регионарных лимфатических узлов.
При внедрении возбудителя в организм через слизистые оболочки дыхательных путей или желудочно-кишечного тракта возникает нарушение барьерной функции трахеобронхиальных и брыжеечных лимфатических узлов с выходом возбудителя в кровь и развитием септической формы заболевания.
Бактериемия и токсинемия могут провести к развитию инфекционно-токсического шока.