Диагноз ставится на основании характерных клинических симптомов — приступообразной лихорадки с ознобами и потливостью, гепатоспленомегалии и анемии, а также эпидемиологических данных — пребывание в эндемичной зоне в течение 3 лет до начала болезни, гемотрансфузии или другие парентеральные манипуляции в течение 3 месяцев до начала лихорадки.
Диагноз подтверждается обнаружением малярийных плазмодиев в препаратах крови — толстой капле и мазке.
Для исследования берут капиллярную или венозную кровь. Однократный отрицательный результат не исключает диагноза малярии и требует повторного исследования через 8-12 ч.