Диагноз ставится на основании клинических симптомов и эпидемиологических данных, результатов бактериологического и серологического методов исследования. Основными материалами для бактериологического исследования служат кровь, фекалии и рвотные массы. При оперативных вмешательствах бактериологическому исследованию могут быть подвергнуты удаленный червеобразный отросток и мезентериальные лимфатические узлы.
В серологической диагностике псевдотуберкулеза используют РА и РИГА. Исследуют парные сыворотки больных, взятые в начале и на 3-й неделе болезни. Диагностическим в РА считается титр 1 : 200 и более. Минимальный диагностический титр для РИГА 1 : 100.
Для экспресс-диагностики используют ИФА, НРИФ, РКА (реакция коагглютинации).