1. По этиологии.
1.1. Инфекционные.
1.2. Паразитарные.
1.3. Токсические.
1.4. Медикаментозные.
1.5. Алиментарные.
1.6. Радиационные.
1.7. После операций на тонкой кишке.
1.8. Врожденные аномалии кишечника и энзимопатии.
1.9. При недостаточности илеоцекального клапана и большого дуоденального соска.
1.10. Вторичные (при других заболеваниях).
2. По преимущественной локализации.
2.1. Хронический еюнит.
2.2. Хронический илеит.
2.3. Хронический тотальный энтерит.
3. По характеру морфологических изменений тонкой (тощей) кишки.
3.1. Еюнит без атрофии.
3.2. Еюнит с умеренной парциальной ворсистой атрофией.
3.3. Еюнит с субтотальной ворсистой атрофией.
4. По клиническому течению.
4.1. Легкое течение.
4.2. Средней тяжести течение.
4.3. Тяжелое течение.
5. По фазе заболевания.
5.1. Фаза обострения.
5.2. Фаза ремиссии.
6. По характеру функциональных нарушений тонкого кишечника.
6.1. Синдром недостаточности пищеварения (мальдигестия).
6.2. Синдром недостаточности кишечного всасывания (мальабсорбция).
6.3. Синдром экссудативной энтеропатии.
6.4. Синдром многофункциональной недостаточности тонкой кишки (энтеральная недостаточность).
7. По степени вовлечения толстой кишки.
7.1. Без сопутствующего колита.
7.2. С сопутствующим колитом.
8. Экстраинтестинальные расстройства.