Так как каждая клетка тела имеет диплоидный набор хромосом, все хромосомы парные, аллельные гены находятся в гомологичных хромосомах. Следовательно, в зиготе всегда присутствуют два аллеля одного и того же гена, поэтому генотипическую формулу по любому признаку необходимо записывать двум буквами.
Особь, гомозиготную по доминантному аллелю, следует записывать как "АА", а рецессивную — как "аа"; гетерозиготную особь записывают как "Аа". Опыты показали, что рецессивный аллель проявляется только в гомозиготном состоянии, а доминантный — как в гомозиготном, так и в гетерозиготном состоянии.
Гены расположены в хромосомах. Гомологичные хромосомы в результате мейоза расходятся в различные гаметы. Но так как у гомозиготы оба аллеля одинаковы, все ее гаметы несут одни и те же гены. Таким образом, гомозиготная особь дает один и тот же тип гамет.