Осложнениями данного порока могут быть легочная гипертензия, предсердная аритмия, недостаточность трехстворчатого клапана и кровообращения, затяжной септический эндокардит.
Дефект межпредсердной перегородки обычно встречается в изолированном виде, однако может сочетаться с частичным аномальным возвратом к левому желудочку, стенозом клапанного кольца легочной артерии, дефектом межжелудочковой перегородки, стенозом ветвей легочной артерии, добавочной верхней полой веной, а также митральной недостаточностью.
Прогноз данного порока во многом зависит от величины дефекта и тяжести нарушений гемодинамики, течение в основном благоприятное, декомпенсация в большинстве случаев развивается лишь к 20—30 годам; при раннем развитии сердечной недостаточности прогноз неблагоприятный.
В первые 5 лет возможно самостоятельное закрытие дефекта, оптимальный срок для оперативного вмешательства — 5—9 лет. Средняя продолжительность жизни без операции — 35—40 лет.