На ранних стадиях дистальная петля подвздошной кишки гипотонична, расширена, складки слизистой оболочки утолщены. В первые недели заболевания появляются множественные, небольшие полиповидные дефекты наполнения, обусловленные лимфоидными разрастаниями.
Количество их со временем нарастает, и поверхность кишки приобретает вид булыжной мостовой. Затем появляются множественные мелкие депо бария и ниши по контуру кишки. Это изъязвления, образующиеся в результате некроза лимфоидных образований. По мере перехода болезни в хроническую стадию все больше разрастается фиброзная ткань. Пораженный участок кишки сужается, стенки его становятся ригидными, рельеф слизистой оболочки — беспорядочным. Просвет кишки сужен или вообще не контрастируется.
Возможно образование внутренних и наружных свищей. При болезни Крона возможны множественные поражения различных участков кишечника.