Лямблиозную инвазию дифференцируют с гастроэнтероколитами инфекционной и неинфекционной этиологии, а также с холепатиями.
Лямблиоз от амебной дизентерии отличают отсутствие упорных поносов, примеси кровянистой слизи в фекалиях, тенезмов, признаков интоксикации.
При лямблиозе практически не встречается водянистой диареи, характерной для криптоспоридиоза.
Холепатии, не связанные с лямблиозом, протекают с выраженным болевым синдромом с четкой локализацией болей в области правого подреберья, более длительной лихорадочной реакцией, с лейкоцитозом и нейтрофилезом, увеличением СОЭ, отсутствием эозинофилии.
Диагноз лямблиоза обязательно должен быть подтвержден результатами лабораторного паразитологического исследования. Материал для исследования — пробы фекалий и дуоденального содержимого.
В дуоденальном содержимом обнаруживаются только вегетативные формы лямблий. В плотных, оформленных фекалиях обнаруживаются только цисты, а в жидких и полуоформленных могут быть обнаружены цисты и вегетативные формы.
Для повышения эффективности диагностики при наличии показаний следует проводить многократные исследования проб кала — от 2—3 до 6—7 раз с интервалами в 1—2 дня. Однако в большинстве случаев цисты лямблий в кале обнаруживаются уже при первом исследовании. Промежуток времени между взятием материала и его исследованием не должен превышать 15—20 мин.
Вегетативные формы простейших чувствительны к воздействию химических веществ, поэтому пробы следует собирать в чистую сухую посуду. Даже незначительные остатки дезинфектантов вызывают гибель вегетативных форм простейших, что может помешать диагностике. Пробы фекалий исследуются разными способами — метод нативного мазка (для обнаружения цист и трофозоитов), исследование мазка, окрашенного раствором Люголя, методы обогащения (при которых трофозоиты погибают).
В настоящее время для диагностики лямблиоза и оценки эффективности лечения используются серологические методы, иммуноферментных анализов.