Эффективным препаратом является метронидазол (трихопол) — взрослым назначается по 1,2 г в сутки, детям — по 0,75 г в сутки в течение 7 дней.
Широко применяется мономицин в дозе 50 000—250 000 ЕД 4 раза в сутки (два 5-дневных курса), а при тяжелом течении —три пятидневных курса с интервалом 5—7 дней. При тяжелом течении дополнительно назначают тетрациклин по 2 г в сутки в течение 7 дней. Отмечен эффект от применения дийодохина, ятрена. Наряду с этиотропной проводится дезинтоксикационная и неспецифическая стимулирующая терапия. Критерием выздоровления являются купирование колитического синдрома, отсутствие балантидиев при копрологическом исследовании и репарация кишечной стенки.