Этиология болезни до настоящего времени не установлена. Определенная роль придается генетически обусловленной предрасположенности, которая реализуется при воздействии дополнительных факторов. Обсуждается роль вирусов, особенно ретровирусов и герпес-вирусов. Однако вирусная концепция системной склеродермии, как и других диффузных заболеваний соединительной ткани, остается недостаточно обоснованной. Возможно, что вирусы долгое время остаются в латентном состоянии и активизируются различными провоцирующими механизмами.
Начальными факторами в развитии заболевания могут быть РНК-содержащий вирус или генетический фактор, реализующий свое действие при наличии дополнительных влияний. Первоначально процесс характеризуется повреждением РНК и ДНК в клетках, главным образом в фибробластах. Последние в связи с изменением функции и метаболизма усиливают синтез коллагена с последующим повышением образования фибрилл. В связи с изменением антигенных свойств поврежденных клеток развертывается цепь аутоиммунных реакций.