При синдроме Криглера—Найяра проводят дифференциальный диагноз с желтухами новорожденных, обусловленными усиленным гемолизом различного генеза: вследствие несовместимости групп крови матери и ребенка, наследственных гемолитических анемий. Дифференциальный диагноз при синдроме Жильбера проводят с гемолитическими анемиями, и в первую очередь с микросфероцитарной. Следует учитывать интермиттирующий или постоянный характер желтухи, наличие гипербилирубинемии с повышением непрямой фракции билирубина, нормальное содержание в моче билирубина, в моче и кале — уробилиновых тел. В сложных ситуациях прибегают к биопсии печени с последующим гистологическим исследованием ее ткани. Синдромы Дубина—Джонсона и Ротора дифференцируют с хроническим гепатитом и первичным билиарным циррозом печени на основании данных лапароскопии и пункционной биопсии. Патогномоничным признаком при синдроме Дубина—Джонсона являются изменения бромсульфалеиновой пробы при отсутствии изменений других функциональных проб печени.
Оформление диагноза аналогично жировому гепатозу. Необходимо указывать тип наследования.