В тяжелых случаях лечение проводят в стационаре. Переводят больного на полностью аглютеновую диету с повышенным содержанием витаминов, перорально назначают обволакивающие и вяжущие средства. Хлеб в таком случае заменяется крахмальными лепешками. По мере улучшения состояния диету расширяют, однако содержание в суточном рационе продуктов, содержащих глютен, оставляют ограниченным. Постоянное соблюдение аглютеновой диеты постепенно приводит к нормализации морфологических изменений тонкой кишки и полному обратному развитию клинических проявлений заболевания, которое может встретиться в любом возрасте. Малейшее отклонение от аглютеновой диеты чревато рецидивом заболевания.