Наиболее часто болезнь Крона приходится дифференцировать от язвенного колита, туберкулезного поражения кишки, ишемического колита, иерсиниоза, острого аппендицита. Язвенный колит, протекающий с сопутствующим парапроктитом или ретроградным илеитом, может послужить причиной диагностической ошибки. К тому же даже с использованием современных эндоскопических и рентгенологических методов исследования, гистологического изучения биоптатов примерно в десятой части случаев не удается разграничить эти два заболевания (“недифференцируемый колит”). Развитие рубцовых изменений, кишечных свищей характерно не только для болезни Крона, но и для туберкулеза кишечника. Абдоминальные боли, кишечные кровотечения — симптомы ишемического колита — также могут быть адекватно оценены лишь после надлежащего клинико-инструментального обследования.