В патогенезе заболевания определенную роль играют аутоиммунные механизмы. У больных выявляются антитела к ткани толстой кишки, специфически сенсибилизированные к антигенам слизистой толстой кишки лимфоциты. Повреждающее действие оказывают также иммунные комплексы. Определяются признаки нарушения клеточного иммунитета, в частности уменьшение содержания Т-клеток в периферической крови. Все это приводит к выраженным воспалительным изменениям кишечника. Макроскопически воспалительные изменения могут быть единичными или множественными, при этом измененные участки чередуются с неизмененными. Более характерны изменения в подвздошной и слепой кишке, прямая кишка поражается не всегда. Процесс захватывает все слои стенки, выглядит в виде язв щелевидной формы или трещин. Часто развиваются стриктуры кишки и псевдополипоз.