Этиологический фактор язвенного колита точно не установлен. Периодически делаются попытки связать это заболевание с каким-либо инфекционным агентом, в последние годы, например, с вирусом кори или палочкой паратуберкулеза, но прямых доказательств нет. Гораздо более обоснованной представляется точка зрения о наличии генетически детерминированного дефекта иммунной системы, который приводит к развитию тяжелого воспалительного процесса в толстой кишке.