Вагинизм следует дифференцировать от псевдовагинизма, когда боль при попытке интроинъекции, судорожный спазм и оборонительная реакция женщины вторичны и обусловлены заболеваниями половых органов (дефекты развития, кольпиты, спаечный процесс и другие гинекологические заболевания, делающие коитус резко болезненным).
Кроме того, вагинизм необходимо дифференцировать от коитофобии — боязни боли при половом акте, препятствующей его осуществлению и не сопровождающейся судорожным сокращением мышц влагалища. Сходные с вагинизмом явления могут быть вызваны и неправильными действиями, обусловленными незнанием обоими партнерами анатомии половых органов. В этом случае достаточно однократной коррекции, чтобы восстановилась сексуальная функция.