Возбудитель шистосоматоза оказывает различное болезнетворное действие на организм в зависимости от стадии. Личинки способны вызывать тяжелую аллергическую реакцию и травмировать ткани окончательного хозяина во время своей миграции.
Взрослые особи не способствуют значительным нарушениям, паразитируя в стенке сосуда. Главные изменения в организме человека возникают при переходе яиц шистосом из вен в кишечник и мочевой пузырь. Со временем в стенке органа развивается соединительная ткань и происходит отложение солей кальция. Это приводит к тому, что яйца с трудом проходят через барьер и легко заносятся в легкие, печень и головной мозг, вызывая в них необратимые изменения.