ВИЧ в начале инфекционного процесса избирательно поражает Т-лимфоциты-хелперы, макрофаги и моноциты (предшественники макрофагов). Нарушается нормальное соотношение между ними и супрессорами, цитотоксическими лимфоцитами. Величина, равная в норме 1,5-2,0, становится менее 1,0.
В результате нарушается иммунитет как единая реакция всех его звеньев на попадание в организм материала с генетически чужеродной информацией, и возникает иммунодефицит, проявляющийся в том, что для человека становятся опасными обычные комменсалы.
Комменсалы — повседневно окружающие его (и сожительствующие с ним) микроорганизмы — грибы (Кандида), вирусы (прежде всего — цитомегаловирус, вирус герпеса), бактерии (стрепто- и стафилококки и др.). Эти инфекции называют оппортунистическими. Кроме того, возникает активная продукция аутоантител, причем не только к клеткам, пораженным вирусом.
Также ВИЧ может находиться в дремлющем состоянии и не активизироваться в течение ряда месяцев и даже лет (до 10 лет). Изменчивость свойств вируса в ходе болезни у одного и того же больного, его мутации затрудняют получение стабильной вакцины против ВИЧ.