Внедрение в организм человека возбудителя орнитоза происходит через слизистые оболочки верхних дыхательных путей. Затем в эпителии дыхательных путей происходит его размножение и накопление, а в дальнейшем из легких возбудитель проникает в кровь. Кроме органов дыхания, при орнитозе поражаются лимфатическая ткань, печень, селезенка, нервная система, поражения сосудов обнаруживаются также в почках, желудке, кишечнике.