Возбудитель желтой лихорадки — Флавовирус фабрицис — принадлежит к роду Флавовирусов, семейству Тогавирусов.
Его размеры — от 17 до 25 нм.
Форма — сферическая. В жидкой среде при температуре 60 °С вирус погибает через 10 мин. Вирус не обладает устойчивостью к температурным изменениям, чувствителен к обычным дезинфектантам.
В высушенном состоянии переносит температуру 100-110 °С до 5 ч, в замороженном виде — до 1 года, в запаянных ампулах с азотом — до 12 лет.
Различают несколько вида вируса желтой лихорадки, обладающих пантропностью (всеобщей чувствительностью) или нейротропностью, что используют для пассирования (проведения) его на животных с целью получения вакцинных штаммов.
Вирус хорошо растет на тканевых средах, особенно на хорионаллантоисной среде, которая используется для получения основного вакцинного штамма 17-Д.