Заподозрить развитие баугинита позволяют основные клинические проявления — приступы схваткообразных болей в правой подвздошной области, нарушения стула, урчание в животе, метеоризм, тошнота, отрыжка. При прощупывании обнаруживается болезненность в области подвздошной кишки, вздутие живота.
Лабораторные микроскопические и бактериологические исследования выявляют значительные нарушения пищеварительной функции кишечника и бактериальной флоры. При рентгенологическом исследовании — признаки энтерита или колита. Эндоскопически обнаруживается отек, зоны покраснения и атрофических изменений слизистой оболочки.