Запах появляется при длительном стоянии, а также при задержке мокроты в бронхах или полостях в легких (обусловливается деятельностью анаэробов, вызывающих гнилостный распад белков до индола, скатола и сероводорода). Свежевыделенная мокрота обычно не имеет запаха.
Неприятный запах мокрота может иметь при хронических бронхитах с плохим дренированием бронхов, резкий неприятный запах — при бронхоэктатической болезни, абсцессе легкого, иногда туберкулезе, злокачественных новообразованиях с некрозом, зловонный (гнилостный) запах отмечается при гангрене легкого.