Вместе с тем в службе клинической лабораторной диагностики имеется и требует безотлагательного решения целый комплекс проблем, связанных с дальнейшим развитием сети лабораторий, укреплением их материально-технической базы, рациональным использованием и совершенствованием подготовки кадров, организационно-методическим обеспечением их деятельности.
Сейчас приблизительно 10% больниц, 20% участковых больниц и 42% самостоятельных амбулаторно-поликлинических учреждений вообще не имеют в своем составе клинико-диагностических лабораторий. Уровень оснащенности их современным диагностическим оборудованием по ряду важнейших позиций не превышает 20—30%.
Среди выполняемых исследований относительно невелика доля наиболее информативных тестов — биохимических, гематологических и иммунологических исследований.
Во многих медицинских учреждениях из-за недостаточного внимания к проблеме руководителей органов и учреждений здравоохранения имеет место недооценка как внутрилабораторного, так и внешнего контроля качества клинических лабораторных исследований, снижающая возможности и качество лабораторной диагностики.
Эффективность использования полученной информации в области лабораторной диагностики в медицинских учреждениях недостаточна из-за слабой подготовки специалистов по клинической лабораторной диагностике и лечащих врачей, отсутствия должной взаимосвязи в их работе.
Многие проблемы лабораторной службы обусловлены устаревшей нормативной базой, отсутствием рекомендаций по ее функционированию в современных экономических условиях.