Это манипуляция от которой весьма часто зависит правильный результат. Отбор проб должен осуществляться в тщательно очищенные среды, подвергшиеся стерилизации и герметически закрывающиеся. Обычно из спонтанно выделившегося стула следует отбирать пробы по 3—5 г фекальных масс, не смешанных с мочой.
В рамках общей подготовки больного к взятию пробы следует избегать назначения антибиотиков, по крайней мере за несколько дней до взятия проб.
Засевы всегда следует производить после взятия пробы немедленно: существует возможность размножения присоединившейся микробной флоры в ущерб флоре и микробам, которые подлежат выявлению.
Если все же засевы нельзя произвести немедленно, отобранные пробы помещают в реципиент, содержащий стерильную консервирующую жидкость, состоящую из 250 мл глицерина, 750 мл дистиллированной воды и 5 г хлористого натрия.
Каждая проба должна иметь специальный ярлык, на котором отмечают вероятный диагноз и указывают, принимал ли больной антибиотики или подвергался ли специфическим прививкам. Данные относительно макроскопического аспекта стула являются последними. Вполне понятно, что следует особо отмечать, содержит ли выделенный больным стул кровь, слизисто-кровянистые глеры, гной, ложные пленки или же слизь.
Отсылать пробы в лабораторию следует как можно быстрее и при низкой температуре для защиты возбудителей от различных вредных внешних факторов.